Het logo van ons genootschap is opgemaakt in de vorm van een zegel. Een zegel diende om een oorkonde te bekrachtigen en verwijst op die manier naar onze stichtingsoorkonde.
Het zegel stelt het grondgebied van ‘De Twee Ambachten’ voor. De golvende lijn in het midden staat symbool voor de laatmiddeleeuwse overstromingen die dit gebied hebben opgedeeld in twee geografische entiteiten: het Polderland in het noorden en het Houtland in het zuiden. De vier 4-puntige sterren op het onderste gedeelte van het veld symboliseren de vier dorpen van het werkgebied van onze vereniging en worden in geografische verhouding tot elkaar afgebeeld. In het bovenste gedeelte van het veld worden de aloude ambachtswapens van Boekhoute (links) en Assenede (rechts) weergegeven als alliantiewapen, symbool voor de samenwerking op heemkundig vlak tussen deze voormalige twee ambachten.